หลวงพ่อขัน อินทปัญโญ เกิดในสกุล คงสุขี เมื่อปี พ.ศ.2415 ตรงกับขึ้น 8 ค่ำ เดือน 8 ปีวอก ที่ ต.วัดยม อ.บางบาล จ.พระนครศรีอยุธยา โยมบิดา-มารดาชื่อ นายชื่น และนางส่วน คงสุขี เป็นบุตรชายคนโตในจำนวนพี่น้อง 4 คน ในปีที่ ด.ช.ขัน ถือกำเนิด ครอบครัวมีฐานะดีขึ้น ทำกิจการงานประสบผลสำเร็จ ทำให้โยมบิดา-มารดา รักใคร่เอ็นดูบุตรชายคนโตยิ่ง
อุปสมบท
เมื่ออายุครบ 20 ปีบริบูรณ์ ได้เข้าพิธีอุปสมบทเป็นพระภิกษุ ที่วัดวังตะโก จ.พระนครศรีอยุธยา ตรงกับ พ.ศ.2435 โดยมีพระพุทธวิหารโสภณ (อ่ำ) เป็นพระกรรมวาจาจารย์ ส่วนนามพระอุปัชฌาย์ ไม่ทราบชัด ได้รับฉายาว่า “อินทปัญโญ”
หลวงพ่อขัน ได้มีโอกาสไปกราบและขอฝากตัวเป็นศิษย์กับหลวงพ่ออ่ำ วัดวงฆ้อง และยังเป็นศิษย์ของหลวงปู่ศุข วัดปากคลองมะขามเฒ่า และอีกหลายท่านหลวงพ่อขัน เป็นพระเกจิอาจารย์ที่ชาวอยุธยาและจังหวัดใกล้เคียงให้ความเคารพนับถือมาก ใครได้สักยันต์กับท่านและทำตามข้อกำหนดของท่าน จะมีแต่ปลอดภัยแคล้วคลาดอยู่ยงคงกระพัน จนได้รับการกล่าวขวัญจากชาวกรุงศรีอยุธยาว่า
“ใครที่สักยันต์กับหลวงพ่อขัน จะถูกฟันถูกตีก็ไม่ต้องกลัว”
ในสมัยที่หลวงพ่อพระอุปัชฌาย์ขัน อินฺทปัญญา ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาส คือในราว พ.ศ.2460 พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงเสร็จประพาสผ่านมาประทับแรมที่วัดนกกระจาบ 1 คืน ข้าหลวงคือพระธรรมรามาธิบดี เจ้าเมืองพระนครศรีอยุธยาในสมัยนั้น ได้เกณฑ์กำนัน ผู้ใหญ่บ้าน ประชาชน นำไม้ไผ่มาปลูก สร้างพลับพลาที่ประทับรับเสร็จ โดยมีพลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ พระองค์เจ้าอาภากรเกีรยติวงศ์ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ องค์บิดาแห่งทหารเรือไทย ตามเสร็จด้วย กรมหลวงชุมพรฯ มีความเคารพในองค์หลวงพ่อขันฯเป็นอย่างมาก
หม่อมเจ้าหญิงเริงจิตรแจรง อาภากร พระธิดาของเสด็จในกรมฯมีบันทึกยืนยันว่าพระองค์ได้สักอักขระ นะ วิเศษ ที่บริเวณกัณฐมณี (ลูกกระเดือก) จากหลวงปู่ขัน วัดนกกระจาบด้วย
บั้นปลายชีวิต
มรณภาพ วันที่ 1 เมษายน พ.ศ.2486 (ตรงกับแรม 12 ค่ำ เดือน 4 ปีมะเมีย)
รวมสิริอายุ 72 ปี 51 พรรษา
