หลวงปู่ทอง อายะนะ เกิดเมื่อปี พ.ศ. 2363 ตรงกับปลายสมัยรัชกาลที่ 2 เป็นบุตรของนายฮวด แซ่ลิ้ม ชาวจีนฮกเกี้ยน มารดาเป็นชาวมอญ ต่อมาท่านได้อุปสมบทเมื่อปี พ.ศ. 2384 ได้อุปสมบท ณ วัดเงินบางพรม ตลิ่งชัน โดยมีท่านเจ้าคุณ วินัยกิจจารีเถระ (ภู่) อดีตเจ้าอาวาสองค์ที่ 2 ของ วัดเงินบางพรม เป็นพระอุปัชฌาย์
ได้รับฉายาตามภาษามคธว่า อายะนะ หลังจากอุปสมบทมา ได้พำนักจำพรรษา ณ วัดแห่งนั้นเพื่อศึกษาพระธรรมวินัย และคอยอุปัฏฐากพระอุปัชฌาย์ของท่านภายหลังได้ธุดงค์วัตร เพื่อแสวงหาโมกขธรรม เมื่อพระราชโยธาก่อสร้างวัดราชโยธา เสร็จเรียบร้อยแล้ว ได้นิมนต์ท่านให้มาเป็นเจ้าอาวาส ท่านจึงเป็นเจ้าอาวาสองค์แรกของ วัดราชโยธาท่านเป็นยอดพระเกจิที่เก่งมากๆในสมัยก่อน
อุปสมบท
หลวงปู่ทอง ในปี พ.ศ.2384 อายุได้ 21 ปีเต็ม ท่านได้อุปสมบท ณ วัดเงิน เขตตลิ่งชัน กรุงเทพฯโดยมีท่านเจ้าคุณวินัยกิจการีเถร (ภู่) เป็นพระอุปัชฌาย์บวชแล้วหลวงปู่ทองได้พยายามศึกษาเล่าเรียนวิชาธรรมต่างๆ ตลอดถึงข้อวัตรปฏิบัติธรรมกรรมฐาน เจริญตามพระโอวาทขององค์สมเด็จพระสัมมาสัม พุทธเจ้าโดย ยึดถือระเบียบและวินัยอย่างเคร่งครัด จนอายุได้ 30 ปี พระอุปัชฌาย์จึงสั่งให้ มาครองวัดราชโยธา ซึ่งการสร้างวัดราชโยธานี้เป็นสมัยต้นรัชกาลที่ 4
ท่านเป็นที่ยอมรับโดยทั่วไปแล้ว ว่าเป็นปรมาจารย์ ผู้รอบรู้ ทั้งทางโลกและทางธรรม มีความเจนจบสิ้นทั้ง พุทธศาสตร์ และไสยศาสตร์ท่านเป็นพระภิกษุผู้ทรงศีล จริยวัตรอันแก่กล้า ทรงวิทยาคม เป็นที่เลื่องลือในกฤษฎาภินิหารตลอดอายุ 117 ปี ของ พระคุณเจ้าได้บําเพ็ญประโยชน์แก่พุทธศาสนานานัปการ จนได้ รับการยกย่องศรัทธาจากมหาชน และลูกศิษย์ทุกชั้นว่า ท่านเป็นพระอาจารย์ผู้มีกฤษฎาภินิหาร มหัศจรรย์ ปาฏิหาริย์ มีวาจาศักดิ์สิทธิ์ มีปณิธานหนักแน่นในพระกรรมฐาน มักน้อยสันโดษ ชานาญในทางอิทธิเวท ไม่ว่าจะนั่ง นอน ยืน เดิน ท่านยึดมั่นในพระกรรมฐานเป็นอารมณ์พระคุณเจ้าหลวงปู่ทอง เป็น ผู้มีอํานาจจิตกล้าแข็ง ได้รับความเคารพยกย่องจากมหาชนทั้งใกล้และไกล จนมีประชาชนหลายอาชีพ หลายประเภทเลื่อมใสฝากตัวเป็นลูกศิษย์มากมาย
ประกอบกับการที่ท่าน เป็นผู้ให้ธรรมะ โดยอุปมาเปรียบเทียบคําพูดทั้งทางโลกและทางธรรมอยู่เสมอมิได้ขาด จึงเป็นเสน่ห์อีก ประการหนึ่งที่ทําให้ผู้ที่ได้สนทนากับ ท่านมีความรู้สึกสบายใจ มองเห็นความจริงที่ท่านกล่าวทุกประการนับว่าเป็นจุดรวมทางใจของกลุ่มชนและบรรดาลูกศิษย์ให้ประกอบแต่ความดีจํานวนมิใช่น้อย เป็นที่ปรากฏแจ้งชัดทั้งในอดีตและในปัจจุบันว่า บรรดาลูกศิษย์ลูกหาหรือผู้ที่ได้เคยพบเห็นวิสาสะกับท่านแล้ว มักจะเป็นผู้ที่ได้ประกอบสัมมาอาชีพโดยถูกต้องกับหลักธรรม และมีเมตตาธรรมในส่วนตนกับเสียสละให้แก่ประโยชน์ของส่วนรวมและประเทศชาติพระคุณเจ้าหลวงปู่ทองเป็นผู้ทรงคุณธรรมเป็นเลิศ หมั่นเพียรในการประกอบกิจทางพระศาสนา ทําวัตร สวดมนต์ ทั้งในด้านกิจ นิมนต์ท่านก็มิได้ว่างเว้นนอกจากจะอาพาธ
บั้นปลายชีวิต
หลวงปู่ทองท่านมรณภาพ ปีพ.ศ. 2480 สิริรวมอายุได้ 117 ปี นับเป็นยอดพระเกจิอาจารย์แห่งอาจารย์ของเมืองไทยที่หาได้ยากยิ่งในปัจจุบัน
